Tot 1000: stroomruggen, Romeinen en Franken
Het huidige verloop van de rivieren in Nederland dateren uit de tijd van de Middeleeuwen. De rivieren zijn toen vastgelegd door de bedijking. Vóór die tijd verplaatste de loop van het water regelmatig. Hierdoor is er een stelsel van stroomruggen ontstaan in de vorm van zandafzettingen en komgronden met klei en veen. De brede stroomruggen van de Oude Rijn waren tussen 50 en 400 na Christus onderdeel van de Romeinse Limes. De Oude Rijn fungeerde als een belangrijke rivier voor de Romeinen en vormden tevens ook de grens.
Vroege middeleeuwen
Rond 750 – 900 na Christus werd de Oude Rijn een belangrijke internationale handelsroute van Utrecht naar de Noordzee bij Katwijk. Hierbij was Harmelen een militaire verzamelplaats en was onderdeel van de Frankische verdedigingsgordel tegen de Friezen.
1000-1600: ontginningen, nederzettingen en waterhuishouding
De functie van de Oude Rijn als belangrijke handelsroute is tussen 1000 en 1600 veranderd. Door de afdamming van de Kromme Rijn in 1122 kreeg de Oude Rijn minder water waardoor het lagere veengebied kon worden ontgonnen. Systematisch werd er ontgonnen vanaf de oeverwallen van de Oude Rijn, de gegraven Leidsche Rijn, de Hollandsche IJssel, de Kromwijkerwetering-Haardijk, de Lange Linschoten en de Linschoter stroomrug.
Hierbij kregen de geestelijken en adel steeds meer invloed en gingen ze een belangrijke rol spelen in het ontginningsproces. Er werden kloosterboerderijen en abdijhoeven gesticht als administratie centrum voor het ontginnen.
Daarnaast klommen de lokale en regionale heren op de sociale ladder en kregen een status. In de 13de en 14de eeuw zijn er door de lokale en regionale heren verdedigbare woontorens gebouwd binnen een vierkant of rechthoekige omgrachting. De stevige stroomruggen van de Oude Rijn waren ideale vestigingsplaatsen waardoor er meerdere ridderhofsteden kwamen zoals Huize Harmelen.
1600 – 1800: vervoer en verdediging
Het vervoer rond 1600 en 1800 is steeds meer opgekomen door de trekvaart. Op de Zuidoever van de Leidsche en Oude Rijn is er daardoor een Jaagpad aangelegd. In Harmelen is dit Jaagpad nog erg goed zichtbaar en loopt naar Woerden. Met de aanleg van de zandpaden werd de verbinding over het land beter tussen Utrecht, Harmelen en Kockengen. Daarbij werden de kaden en de rivierdijken gebruikt als wegen waardoor er meer verbinding ontstond over het land dan alleen over het water.